高觿就询问他率领军队到来的目的，张易就在他的耳边对他悄悄地说：“太子有命令，叫我们赶快杀掉左相阿合马。”这句话一经传开，就弄得人们晕头转向，摸不着头脑，似是而非，难以分辨，就不得不派遣使者出来迎接他们。
王著看见机会难得，就命令同党中的一个人冒充太子，大开杀戒，看见一个人，就杀掉一个人，抢夺过来一匹马，急急忙忙地冲入了建德门。这时已经是凌晨的二鼓时分，他到了东宫前面，召集朝廷的众多官员，这时阿合马也骑马，扬着鞭奔跑而来，被王著手下的叛党，推落下马来，指责他欺骗骗皇帝，残害老百姓的罪恶，当场取出了武器铜锤，在他脑袋上敲击了一下，只听见噗的一声响，脑浆立即迸溅了出来，倒在地上死去了。
阿合马，回回人。朝廷里的官员都不知道他是怎样进入皇宫当上朝廷官员的。元世祖中统三年，开始接受任命担任中书左右部的职务，并兼任运输部长的职务，专门财政税收大权交给他。阿合马也是一个干才，提出改革方案，向各省运输部门颁布施行。
第二年，以河南钧、徐等州都有冶铁产业，请求朝廷授予专利权，以获取更大的商业利益。元世祖把开平府升格为上都，任命阿合马为市长，原来担任的各种职务不变。阿合马请求教育部长马月合乃兼管三千获得专利的企业，专门从事冶铁产业，每年向朝廷进贡一百三万七千斤铁，铸造农器二十万事，交换四万石粮食供应政府部门的官员。
至元元年正月，阿合马提出建议说：“太原的民众煮少量的食盐，四处贩卖，老百姓贪图价格便宜，竞相购买买食用，食盐非常畅销，严重冲击了政府盐业专卖市场，造成盐业税收减少，每年能征收七千五百两银子的税收。请求朝廷颁布法令，从今年起增加税收五千两银子，无论是僧人道士，还是军人工匠等人，都要缴纳税收，那些民间贩卖私盐的人可以不必追究。”当年秋天的八月，他对国家机构朝廷改革，撤销了中书左右部，并入中央政府，任命阿合马为政务院总理，升任上议院议长。
三年正月，设立国家内务部，阿合马又以国务院总理的身份兼任内务部长。过了一段时间以后，他以内务部长的报告说：“现在朝廷官员众多，开支非常巨大，京城里的税收远远不能满足需要，建议把大量的羊群等牲畜，运送到洛阳等地去贩卖，以牟取商业利润，增加财政收入。真定、顺天等城市的金银如果不能满足需要，可以增加货币的发行量，以满足市场和民众需求。别怯赤山出产石绒，可以织为布，火也不能让它燃烧，请求派遣朝廷官员前去开采。”又报告说：“国家现在的费用非常浩大，今年自从朝廷迁移到都城后，已经支出了四千锭银子的钞票，恐怕明年已经远远不够开支了，朝廷应该节省开支，增加财源。”
十一月，内务部又报告：“桓州峪所开的采银矿，已经达到十六万斤的规模，一百斤可冶炼得银子三两、锡二十五斤。采矿所需的锡应该如数划拔，不得克扣。”他提出的报告，朝廷经过研究，都全部获得了批准。
七年的正月，设立政务院，撤销了内务部，依然由阿合马担任总理平章。阿合马为人乖巧，能言善于辨，喜欢花言巧，急功近利，追求实效，人们都非常称赞他的才干。元世祖建立元朝，百废待举，急于富国强兵，试用阿合马治理国家，很有成效，感到非常满意。
元世祖经常看见阿合，马与丞相泉真、史天泽等人为治理国家，发生争辩，阿合马经常都把对手问得理屈词穷，由些更加赞赏阿合马的才能，让他掌握朝廷大权，对他言听计从，而不知道阿合马阴暗和刚愎自用，自以为是，独断专横。
朝廷高官安童对阿合马的所作所为很不“感冒”，向元世祖皇帝报告说：“我近来我所提到的国务院、常委会、监察部，都应该象过去一样按正规程序，向皇帝报告日常事务，凡是涉及到的国家大事，应该经过常委会研究后报告批准。今天阿合马把持朝政，独揽大权，与朝廷过去的规定是冲突的。”
元世祖听了，点了点头，回答说：“你真是明察秋毫，说得很对。况且阿合马很受我的信任，哪里能够猖狂到如此地步？我知道下面早已经议纷纷，你说都是事实。”
安童沉思了一会儿，又对元世祖说：“阿合马所作用的那些官员，副总理许衡都认为那些人不地道，但是我已经批准了他的任命，如果不批准，恐怕他以后会有闹意见。应该试试他是不是真的有能耐，以后是会看到他们的下场的。”世祖点了点头，认可了他的说法。
五月，国务院提出报告说，要进行全国人口普查，后来监察部又报告说，今年蝗灾严重，庄稼损失很大，各地都正在忙于捕捉蝗虫，百姓非常劳苦，人口普查的事应该延缓一下。阿合马才没有办法，只得放置了下来。
当初设立国务院时，朝廷命令说：“国务院选拔的官员，都要经过人事部进行严格的资格审查，然后再报告国务院，再由常委会研究后，报告皇帝批准录用。”但是阿合马独